Les instances suivantes sont représentées au Centre Hospitalier de Pontarlier :
- Direction
- Directoire
- Conseil de surveillance
- Commission Médicale d’Etablissement
- Commission Technique d’Etablissement
- Commission des Soins Infirmiers, Rééducation et Médico Techniques
- Commission des Relations avec les Usagers et de la Qualité de la prise en charge
- Comité d’Hygiène, de Sécurité et des Conditions de Travail
- Comité de Lutte Contre les Infections Nosocomiales
- Comité Qualité
- Comité de Lutte contre la Douleur
